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ACE01 2011からACE01 2015に引っ越したときに発生しました。
CPIではRewriteEngine(mod_rewrite)を使う際は Options +FollowSymLinks を記述する必要がありましたが、
ACE01 2015でapacheのバージョンがver.1系からver.2系上がって設定が変わったためか、
この記述ではエラーになります。
そこでCMSインストーラーでwordpressを入れた際に自動生成された.htaccessを確認したところ解決策が分かりました。
ACE01 2011:Options +FollowSymLinks
ACE01 2015:Options +SymLinksIfOwnerMatch
いずれ、全てのACE01 2011はACE01 2015の環境に移行されるようなので
RewriteEngineを利用しているユーザーは設定変更をする必要が出てきます。